Мануалов море, тем, кто привык всё делать в консоли, наиболее понятным будет вот этот: http://codex.wordpress.org/UNIX_Shell_Skills#Upgrading_WordPress_from_the_Shell
В нём только забыли напомнить сделать бэкап БД. И лишь уведомление “Необходимо обновить базу данных. Нажмите “Обновить” для обновления” насторожит внимательного :) А те, кто не только внимательны, но и разумны, делают бэкапы регулярно :)
Итак, если вы просто внимательны, то предварительно сохраняем резервную копию нашей базы (будет полагать, что мы используем MySQL, а имя базы нашего блога – wordpress):
mysqldump -u root -p wordpress > /some/path/to/backup/dir/wordpress_db_backup.sql
А вообще про создание/восстановление из бэкапа коротко и ясно написано здесь: http://www.thegeekstuff.com/2008/09/backup-and-restore-mysql-database-using-mysqldump/