Если не хотим пугать пользователя страшными командами в терминале, то заставить систему спросить его пароль можно использовав команду gksu – GTK+ frontend for su and sudo. Вот как будет выглядеть запуск synaptic из строки по нажатию Alt-F2 и вписанной туда магической командой
gksu synaptic